协同中心设立理事会、管理委员会、中心主任（副主任）、创新团队和行政事务办公室等组织机构，实行理事会领导下的主任负责制。日常运行模式为：在管理委员会指导和主任（副主任）领导下，由行政事务办公室具体负责实施协同中心的日常运行管理；在四个创新团队首席专家带领和指导下，由各创新团队组织实施协同中心各研究方向上的科研创新。