中心运行管理是在中心主任、副主任的领导下,由行政事务办公室负责具体实施。中心主任、副主任由中国矿业大学任命,负责协同中心的日常运行管理和具体工作,设主任1名、副主任2名。副主任的具体分工由主任确定,副主任直接对主任负责。本届主任、副主任人选如下:

协同中心主任:朱真才

协同中心副主任:鲍久圣、刘送永

行政事务办公室是中心具体负责处理行政管理事务的日常运行机构,负责处理中心的日常运行、财务报销、实验室管理、设备管理、物业管理等行政事务。行政事务办公室设行政主管1人、实验室管理员1人、行政助理2人。